"Crows Zero" cuenta la historia de Genji, un joven adolescente hijo del jefe de un clan mafioso que decide demostrar a su padre que es capaz de ponerse al cargo del negocio familiar. Para hacerlo, intentará conseguir lo que nunca nadie consiguió, ni siquiera su propio padre: convertirse en el dueño y señor del Instituto Suzuran, el peor y más peligroso centro estudiantil del país. No obstante, pese a su gran espíritu ganador, Genji pronto se dará cuenta de que no es el único que pretende lograrlo, y que aún menos lo conseguirá solo.