El equipo de baloncesto de la Secundaria Teikō se convirtió en el mejor equipo a nivel de secundaria, tras lograr ganar el torneo durante 3 años de manera consecutiva. Los integrantes de este equipo son conocidos como la "Generación de los Milagros" refiriéndose a cada uno como prodigios. Después de graduarse de la secundaria, estas cinco estrellas fueron a diferentes Preparatorias, con los mejores equipos de baloncesto. Sin embargo, es sabido por unos pocos de que hubo otro jugador en la "Generación de los Milagros", el sexto jugador fantasma. Este misterioso jugador es ahora un estudiante de primer año en la Preparatoria Privada Seirin, una escuela nueva con un poderoso pero desconocido equipo de baloncesto. Ahora, Tetsuya Kuroko, el sexto miembro de la "Generación de los Milagros", y Taiga Kagami, un jugador de talento natural que pasó la mayor parte de la escuela secundaria en Estados Unidos, tienen como objetivo llevar a Seirin a ser los número uno de Japón, jugando contra viejos compañeros del equipo de Kuroko.