Corre el año 1861 y Japón, tras dos siglos de aislamiento, se ha visto forzado a abrir las puertas a Occidente, con el consecuente choque entre ambas culturas. En el puerto de Edo se reúnen numerosos barcos extranjeros en busca de oportunidades en esas nuevas tierras; uno de ellos transporta a un grupo de americanos cuyo objetivo es llevar la palabra de Dios al pueblo nipón. Para dos de estos misioneros, sin embargo, el viaje supone algo más: la joven Emily Gibson desea dejar atrás un pasado incómodo e iniciar una nueva vida; también su compañero de viaje, Matthew Stark, tiene algo que ocultar bajo su pacífica apariencia: el suyo es un pasado manchado de sangre. El destino de ambos se cruza con el de Genji, un joven samurái heredero del clan Akaoka. Dotado con el poder profético que caracteriza a su familia, Genji intuye que su futuro y el de Japón están en manos extranjeras. Su amistad con los foráneos despierta el recelo de otros clanes, los cuales, tras años de enfrentamientos en su ambición por alcanzar el shogunado, declarán la guerra abierta a Genji. En este escenario de luchas fratricidas, Genji, ayudado por sus dos nuevos amigos y su amante, la geisha Heiko, defenderá su posición sorteando intrigas y traiciones.