La historia se traslada a dos pequeñas aldeas shinobi en la era Keichou, exactamente en 1614 d.C, y narra la rivalidad de dos clanes enfrentados durante más de 400 años (según el manga, cap. 1, se dice que durante mil años) por el odio entre las familias. Según el capítulo uno del manga "En sus orígenes los dos clanes ninja, ambos clanes eran de la misma tribu". Los actuales representantes, Kouga Danjo de Kouga (simbolizando su clan por una serpiente) y Ogen de Iga (simbolizada en su clan por un halcón) no consiguieron fraguar su amor y resolver definitivamente esta rivalidad por lo que intentan conseguir que sus sucesores Gennosuke y Oboro cumplan su amor y puedan acabar con este enfrentamiento sin sentido; pero donde hay amor habrá muerte y sus planes se ven estropeados cuando Ieyasu, el actual Shogun, decide usar ambas aldeas como herramientas en una competencia a muerte para decidir quién de sus dos nietos heredará el shogunado.

Dos pergaminos inscritos con los 10 mejores guerreros ninja de cada aldea son enviados a sus respectivas aldeas con la orden de comenzar un terrible duelo a muerte entre los escogidos de ambas aldeas. Si Iga sale victoriosa, el próximo Shogun será Takechiyo nieto mayor, quien por herencia merece ser Shogun, pero nació con un intelecto en extremo pobre al punto de sospecharse que sufre retraso. En caso de que Kouga gane el heredero del shogunado será Kunichiyo, quien ha demostrado una inteligencia y sabiduría a la par con su abuelo pero carece de derecho al trono por ser el último en la línea de sucesión. En ambos casos, la aldea vencedora será reconocida por edicto real como victoriosa sobre la otra, ganará los favores de la corte y condenará a su rival al olvido y a perder la gracia a los ojos del shogunado lo que eventualmente la llevará a su fin.